Il faut un nouveau comptoir et Francisco de Almeida est nommé vice-roi des Indes. En route, il s'empare du port de Kilwa en Afrique orientale et laisse à la tête de la garnison Ferdinand de Magellan qui se fera plus tard connaître comme explorateur.

En quatre ans, Almeida chasse les navires arabes de la côte de Malabar. Son règne est sanglant. Un chroniqueur de l'époque relate "qu'il tuait ses prisonniers en les attachant à la gueule des canons devant Cananour, saluant la ville de leurs fragments". Il s'empare de Goa dont il fait sa capitale.

Ayant en main Malacca, Ormuz, au seuil du Golfe Persique, et Goa, le Portugal contrôle tous les accès de l'océan Indien sauf la Mer Rouge et affirme ainsi son contrôle sur le marché des épices.

En l5O9, après avoir rempli son mandat, Manuel Ier remplace Almeida par Afonso de Albuquerque. Plus âgé, il n'en est pas moins déterminé et en moins d'un an, il prend Goa au nord de la côte de Malabar et établit une ville qui compte rapidement 45O colons.

Il prend Malacca, un important marché d'épices à l'entrée de la Mer de Chine et Ormuz à la porte du Golfe Persique. Le Portugal contrôle tous les accès aux îles des Épices à l'acception de la Mer Rouge.

Fier de sa suprématie, Manuel Ier adopte le titre de "Roi", par la volonté de Dieu, du Portugal et de l'Algarve, toutes deux situées de ce côté de la mer et de l'autre côté, en Afrique, Seigneur de Guinée et de la conquête, de la navigation et du commerce d'Éthiopie, d'Arabie, de Perse et de l'Inde".

Les mauvaises langues eurent tôt fait de le surnommer le roi-épicier, le vendeur d'épices.

En l5l3, les Portugais pénètrent jusqu'aux portes sud de la Chine en découvrant l'embouchure de la Rivière des Perles. Ils veulent aussitôt s'établir et créer une base commerciale d'importance mais les tractations sont longues et difficiles. Les Cantonnais n'accepteront qu'en 1557, donnant au roi du Portugal l'autorisation de fonder un port commercial à la condition sine qua non qu'il les débarrasse des pirates qui infestaient la région, un accord qui s'est maintenu jusqu'à aujourd'hui.
Au lieu de s'établir, les Portugais préfèrent prendre en charge le trafic hispano-chinois et font passer le commerce avec l'Inde, l'Insulinde et Macao par le Cap de Bonne Espérance. Ils assurent les différents comptoirs de traite et établissent des escales stratégiques sur la route des Indes. Ils doivent malheureusement composer avec la concurrence: les Dieppois à St-Louis du Portugal (1641) et les Hollandais à la Baie de la Table (Cape Town).

Chaque année, peu avant Pâques, une flotte part de Lisbonne pour arriver à Goa avec la mousson entre septembre et octobre, chargée de numéraires et repart entre novembre et décembre, la souque renflée d'épices. Certains navires poussent même jusqu'à Malacca, Macao et au Japon mais leur commerce gravite surtout dans la région de Panjim. Mais les comptoirs sont peu peuplés, trop éloignés l'un de l'autre pour se porter mutuellement secours et certains comptoirs passent aux mains de puissances étrangères.

Le Brésil est en plein essor. Le ministre portugais Pombal crée d'importantes compagnies commerciales comme celles de Bahia et de Pernambouc pour mettre en valeur les ressources tropicales des régions côtières du nord-est. Rio de Janeiro commence à supplanter l'ancienne capitale de Bahia.

Les Portugais conservent des escales et des comptoirs en Afrique et en Inde. L'importance de Goa est encore omniprésente dans le profil du monde économique. Deux siècles plus tard, Macao est le dernier bastion portugais de cette quête et représente le commerce brut, une force économique plus puissante que la révolution culturelle chinoise de 1966. Il a vu passer le débarquement des Gardes Rouges et a su résister aux convoitises étrangères, surtout espagnoles et hollandaises.

Le commerce portugais a dominé Macao pendant près de quatre siècles et demi. En l999, l'enclave portugaise deviendra chinoise.

Une autre ère se lève pour l'Humanité
Mais un fait demeure, indéniable. Le Portugal a ouvert la "Carreira da India", la ligne de l'Inde au monde occidental. L'entreprise lusitanienne marque d'une pierre blanche la gastronomie universelle en trouvant la route des épices qui sera jalonnée jusqu'en Extrême-Orient d'escales aux parfums enivrants. Les trésors rapportés en ballots à fond de cale au prix de vies humaines et d'épopées ont noms de coriandre, poivre, gingembre, safran, paprika. Ils furent les premiers à jeter l'ancre aux Moluques pour la noix muscade, au Japon et en Éthiopie pour le riz et le thé, sur la côte africaine pour le café et les cacahuètes sans oublier l'ananas, le poivron, la tomate, la pomme de terre qu'ils avaient rapportés déjà du Nouveau Monde.

Le Portugal a écrit un des plus beaux chapitres de l'Histoire universelle
car il a offert au Monde, de Nouveaux Mondes.