Le ramassage du lait en bidons dans les régions de production par la coopérative s'effectue généralement :
- d'octobre à mars, une fois par jour le matin ;
- d'avril à septembre, deux fois par jour après chaque traite. 

II assure, quatre fois par mois, le contrôle du lait livré par chaque agriculteur : qualité bactériologique, richesse en matières grasses et protéiques, teneur en leucocytes...
II assiste aussi les fromagers : contrôle du lait à la réception, croissance des levains, composition des fromages frais...

Le lait est tout de suite passé, pesé puis envoyé sans écrémage et à l'état cru - ce qui lui nécessite une qualité irréprochable - dans les chaudrons en cuivre pour la fabrication du Beaufort.

Chaque cuve en cuivre peut contenir 3 200 litres de lait soit 8 meules de Beaufort (il faut plus de 10 litres de lait pour faire 1 kg de Beaufort).

Le lait est d'abord chauffé à 33°C puis caillé en 30 minutes par addition de 3 à 4 litres de présure naturelle. Cette dernière est faite à base de caillette de veau macérée dans du petit lait recuit. Elle contient – en plus des substances coagulantes – des levains lactiques nécessaires à la fabrication et à la maturation du Beaufort.

Environ 15 minutes de repos, le caillé est suffisamment ferme pour être découpé à l'aide du tranche-caillé jusqu'à obtention de petits grains qui formeront le fromage.

Continuellement brassé, le caillé, après une quarantaine de minutes, est alors progressivement portée à 54°C. Sous l'action de la chaleur, les grains vont se rétracter, expulser leur petit-lait concentrant ainsi la matière noble du lait. Cette «mini cuisson» contribuera à la longue conservation du Beaufort. 

Le chauffage à 54°C est assuré par trois ballons d’eau chaude de 13 m3. Cette eau est envoyée à 75° C dans la double enveloppe de la cuve de fabrication et projetée contre la paroi de cuivre. A sa sortie, elle est recyclée.

Au bout de 40 minutes de brassage et lorsque le fromager le juge prêt, le caillé est soutiré pour être déposé dans les moules de bois Les grains sont filtrés au travers d'une fine toile de jute. Le lait donne alors naissance au fromage.

Plus de deux heures après l'emprésurage, le fromager décide de soutirer les grains de caillé. La canne de soutirage aspire le mélange du caillé et du petit lait et le répartit au sommet des huit cloches de soutirage. 

Les grains de fromage se déposent lentement dans la partie basse de la cloche où ils se rassemblent dans la toile et le cercle en bois traditionnels. Après quelques minutes de décantation, le petit lait qui reste dans la partie supérieure est évacué et envoyé vers l'écrémeuse (il contient encore 5 gr./l. de matière grasse).

Les huit fromages sont alors descendus sur leur foncet et sortis des cloches. Ils sont recouverts par la toile et serrés par le cercle en bois puis ils sont mis en presse, par 4, dans les balancelles mobiles de pressage. Jusqu'au lendemain, les fromages sont soumis à une force proche de 1 000 kg. Les grains se soudent et le petit lait s'écoule encore. L'étape du pressage dure une vingtaine d'heures.

La face bombée du cercle donne au talon du Beaufort sa forme concave. 

Afin de bien essorer, de changer la toile, de resserrer le cercle et aussi de poser en talon la plaque bleue de caséine – qui garantira l’authenticité du produit – plusieurs retournements sont nécessaires.

A la sortie de la presse, les fromages refroidissent une journée puis sont marqués, pesés et placés pendant 24 heures en palette de 5 dans le bain de sel, la saumure. Le salage de la pâte commence, le fromage durcit en surface et la croûte commence à se former. Cette étape est importante pour assurer sa conservation.

Placées sur les tablards en épicéa dans les caves fraîches (10°C) et humides, les meules – d’environ 40 kg - sont salées, frottées et retournées deux fois par semaine. Ces nombreux soins et l'ambiance de la cave favoriseront le développement sur la croûte salée d'une fine couche de ferments spécifiques, la morge. Les enzymes produites par les ferments de la morge, de la présure et du lait vont participer à la maturation de la pâte, à l'élaboration du parfum ainsi que de la saveur typique du Beaufort. Après 7 mois de cave, en moyenne, les meules de Beaufort sont prêtes à être commercialisées et consommées.