À la froidure hivernale, les jambons frais entiers sont frottés avec du sel des salines du Bassin de l'Adour. Ils sont ensuite recouverts d'une épaisse couche de sel et placés au saloir.

Les jambons sont ensuite suspendus en salle de repos, un repos permettant de recréer les conditions hivernales et un séchage à basse température.

Les jambons sont placés dans les séchoirs où va débuter une longue maturation afin d'optimiser la saveur, l'arôme et le moelleux du jambon.

Le pannage (application sur les parties musculaires du jambon d'un mélange de graisse de porc et de farine) permet un séchage plus doux pendant la longue période d'affinage.

C'est l'ultime étape, celle où le jambon va acquérir toutes ses qualités et révéler sa personnalité : saveur douce, salage équilibré, arôme délicat.

À l'issue de l'affinage intervient le sondage : les jambons sont soumis au jugement des « nez » qui définiront leurs qualités gustatives. La durée moyenne de fabrication d'un Jambon de Bayonne se situe entre 9 et 12 mois.

 Les caractéristiques physico-chimiques, microbiologiques et organoleptiques des Jambons de Bayonne sont régulièrement contrôlées par des laboratoires agréés.

Le sceau « Bayonne », la Lauburu, est apposé au feu sur les jambons qui ont franchi de manière positive les différentes étapes de sélection.